#SIMILARITY # # # Version: September 1, 1994 # # LIBRARY OF RESIDUE-RESIDUE WEIGHTS # # MODELLER 1.0, Copyright Andrej Sali # # w(A,B) = log (p(A/B) * p(B/A)) # # Derived from the whole ALBASE3, in constr2/aa. # (smoothing with sigma = 20; entropy weights on) # # Residue by residue (20 x 20) matrix # ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY 862 319 499 513 395 576 349 431 524 470 388 467 515 482 400 597 543 567 226 362 319 1000 85 106 222 197 81 168 122 199 168 144 100 119 151 216 238 280 0 157 499 85 888 593 221 487 386 261 475 260 178 599 448 454 351 541 461 341 171 332 513 106 593 856 258 457 371 305 546 327 269 462 430 569 422 467 468 379 160 323 395 222 221 258 901 214 332 501 270 590 396 280 246 254 232 303 290 459 437 634 576 197 487 457 214 961 347 243 441 294 228 481 399 371 397 521 399 335 254 340 349 81 386 371 332 347 870 221 452 322 234 473 285 458 394 367 335 299 181 417 431 168 261 305 501 243 221 867 320 645 524 301 299 248 271 356 437 700 258 391 524 122 475 546 270 441 452 320 856 423 331 516 423 557 631 514 527 416 213 335 470 199 260 327 590 294 322 645 423 908 634 332 340 388 396 366 410 646 354 422 388 168 178 269 396 228 234 524 331 634 785 254 137 335 223 292 360 466 319 311 467 144 599 462 280 481 473 301 516 332 254 816 401 440 435 583 516 332 188 399 515 100 448 430 246 399 285 299 423 340 137 401 931 345 329 484 428 362 118 277 482 119 454 569 254 371 458 248 557 388 335 440 345 871 464 465 441 387 148 259 400 151 351 422 232 397 394 271 631 396 223 435 329 464 874 464 446 342 255 310 597 216 541 467 303 521 367 356 514 366 292 583 484 465 464 886 668 404 197 391 543 238 461 468 290 399 335 437 527 410 360 516 428 441 446 668 878 499 124 340 567 280 341 379 459 335 299 700 416 646 466 332 362 387 342 404 499 885 223 376 226 0 171 160 437 254 181 258 213 354 319 188 118 148 255 197 124 223 955 477 362 157 332 323 634 340 417 391 335 422 311 399 277 259 310 391 340 376 477 922