## Another example in mapcorrelate.com ----
#  Calculations leading up to map correlations.
# Need two maps, and if you want to tabulate the results 
# residue by residue, a third "map" output by sfall which 
# flags each grid point with the residue which makes the 
# largest contribution to it.
#  Warning. All grids MUST BE THE SAME!!
#  It is probably sensible if you want results tabulated according
# to residue to make this a fine grid, the sfall one should be OK.
#  Here is a set of command filesto check the map correlation of 
# a structure after refinement to the MIR map,
#  and to work out real space R factors.
#  For map correlation we use 1) The MIR map ( should be SQUASHed map)
#                             2) An "FC" map 
#               and           3) the sfall RESMOD map.

#  For Real space R factors we also need the FO map phased by the PHIcalc.

#!/bin/csh -f
#goto fft
########################################################################
#  Generate atom map for final coordinates
########################################################################
sfall    			\
xyzin cellulase_1stapril.pdb \
               mapout $SCRATCH/endob_res_last.map \
<< 'END-sfrkall' 
TITL EndoB Cellulase Sf's with mlphare data 
GRID 144 152 144 
MODE ATMMAP RESMOD
SYMM 4
NGAU 2
END
'END-sfrkall'
########################################################################
#  Generate atom map for original coordinates
########################################################################
sfall    			\
xyzin cell_build2.pdb \
               mapout $SCRATCH/endob_res_first.map \
<< 'END-sfrkall' 
TITL EndoB Cellulase Sf's with mlphare data 
GRID 144 152 144 
MODE ATMMAP RESMOD
SYMM 4
NGAU 2
END
'END-sfrkall'
#
########################################################################
#  Calculate sfs for first coordinates - Add on to mir   file
########################################################################
sfall    			\
xyzin cell_build2.pdb \
               hklin $SCRATCH/endob_mir.mtz    \
               hklout $SCRATCH/endob_mir_sffirst.mtz    \
<< 'END-sfrkall' 
TITL EndoB Cellulase Sf's with mlphare data 
GRID 144 152 144 
MODE SFCALC XYZIN HKLIN
RESO 20.0 1.5 40
RSCB 5.0 1.5
BRESET 1.5
BINS 20
SFSG 4
NGAU 2
BADD 0
LABO ALLIN FC=FC_first PHIC=AC_first
LABI FP=F_NAT_W SIGFP=SIG_NAT_W
END
'END-sfrkall'
#
#exit 
########################################################################
#  Calculate sfs for final coordinates - Add on to mir + sffirst  file
########################################################################
sfall    			\
xyzin cellulase_1stapril.pdb \
               hklin $SCRATCH/endob_mir_sffirst.mtz    \
               hklout $SCRATCH/endob_mir_sffirst_sflast.mtz    \
<< 'END-sfrkall' 
TITL EndoB Cellulase Sf's with mlphare data 
GRID 144 152 144 
MODE SFCALC XYZIN HKLIN
RESO 20.0 1.5 40
RSCB 5.0 1.5
BRESET 1.5
BINS 20
SFSG 4
NGAU 2
BADD 0
LABO ALLIN FC=FC_last PHIC=AC_last
LABI FP=F_NAT_W SIGFP=SIG_NAT_W
END
'END-sfrkall'
#
# Calculate maps:
#  For real space R factor I need Fo and Fc maps..
# Fo map phased on original coordinates.
#
########################################################################
# Fo map from original coordintes.  ( used forReal Space R factor)
########################################################################
fft:
fft    			\
               mapout $SCRATCH/endob_fofirst.map    \
               hklin $SCRATCH/endob_mir_sffirst_sflast.mtz    \
<< 'END-fft' 
TITL EndoB Cellulase  1.6A FOfirst map
GRID 144 152 144 
XYZLIM 0 143 0 75 0 143
RESO 20.0 3.0
LABI F1=F_NAT_W PHI=AC_first
END
'END-fft'
#
#
########################################################################
# Fo map from final coordintes.  ( used forReal Space R factor)
########################################################################
#
fft    			\
               mapout $SCRATCH/endob_folast.map    \
               hklin $SCRATCH/endob_mir_sffirst_sflast.mtz    \
<< 'END-fft' 
TITL EndoB Cellulase  1.6A FOlast  map
GRID 144 152 144 
XYZLIM 0 143 0 75 0 143
RESO 20.0 3.0
LABI F1=F_NAT_W PHI=AC_last
END
'END-fft'
#
########################################################################
# Fc map from original coordintes.  ( used forReal Space R factor and mir 
#                                      map correlation)
########################################################################
#
fft    			\
               mapout $SCRATCH/endob_fcfirst.map    \
               hklin $SCRATCH/endob_mir_sffirst_sflast.mtz    \
<< 'END-fft' 
TITL EndoB Cellulase  1.6A FCfirst map
GRID 144 152 144 
XYZLIM 0 143 0 75 0 143
RESO 20.0 3.0
LABI F1=FC_first PHI=AC_first
END
'END-fft'
#
#
########################################################################
# Fc map from final coordintes.
########################################################################
#
fft    			\
               mapout $SCRATCH/endob_fclast.map    \
               hklin $SCRATCH/endob_mir_sffirst_sflast.mtz    \
<< 'END-fft' 
TITL EndoB Cellulase  1.6A FClast  map
GRID 144 152 144 
XYZLIM 0 143 0 75 0 143
RESO 20.0 3.0
LABI F1=FC_last PHI=AC_last
END
'END-fft'
fft2:
########################################################################
#  mir map
########################################################################
fft    			\
               mapout $SCRATCH/endob_fomir.map    \
               hklin $SCRATCH/endob_mir_sffirst_sflast.mtz    \
<< 'END-fft' 
TITL EndoB Cellulase  2.5A Mir map
GRID 144 152 144 
XYZLIM 0 143 0 75 0 143
RESO 20.0 3.0
LABI F1=F_NAT_W PHI=PHI_MIR_W W=FOM_MIR_W
END
'END-fft'
#
#
#

#!/bin/csh -f
########################################################################
#  Correlation residue by residue of original coordinates with mir map
########################################################################
overlapmap    			\
               mapin1 $SCRATCH/endob_fomir.map    \
               mapin2 $SCRATCH/endob_fcfirst.map    \
               mapin3 $SCRATCH/endob_res_first.map \
<< 'END-fft' 
CORR RESI 
END
'END-fft'
#
########################################################################
#  Real space R factor residue by residue of original coordinates 
########################################################################
overlapmap    			\
               mapin1 $SCRATCH/endob_fofirst.map    \
               mapin2 $SCRATCH/endob_fcfirst.map    \
               mapin3 $SCRATCH/endob_res_first.map \
<< 'END-fft' 
REAL SPACE 
END
'END-fft'
#
########################################################################
#  Correlation residue by residue of final coordinates with mir map
########################################################################
overlapmap    			\
               mapin1 $SCRATCH/endob_fomir.map    \
               mapin2 $SCRATCH/endob_fclast.map    \
               mapin3 $SCRATCH/endob_res_last.map \
<< 'END-fft' 
CORR RESI 
END
'END-fft'
#
########################################################################
#  Real space R factor residue by residue of final coordinates 
########################################################################
overlapmap    			\
               mapin1 $SCRATCH/endob_folast.map    \
               mapin2 $SCRATCH/endob_fclast.map    \
               mapin3 $SCRATCH/endob_res_last.map \
<< 'END-fft' 
REAL SPACE 
END
'END-fft'