Anatomist: Manipulation de données structurées

Graphes
Browsers
Visualisation de graphes:

  • Graphes "bruts"
  • Graphes identifiées et hiérarchie

    • Trucs et recettes

    Notes

    1. La manipulation de graphes et de données structurées dans Anatomist est relativement peu automatisée, les opérations peuvent sembler complexes, mais c'est ainsi: n'en demandez pas trop...
    2. Je n'explique pas tout ici, seulement les trucs les plus utiles pour les utilisations courantes

    Graphes

    Fichiers .arg
    -> graphes de sillons
    -> graphes d'activations (de clusters)
    -> graphes de régions d'intérêt
    ...

    Les graphes sont chargeables dans Anatomist en tant qu'objets.
    Ils n'apparaissent pas directement dans les fenêtres (2D / 3D)

    Ils ont une structure et des sous-objets: noeuds et relations

    NE PAS METTRE DIRECTEMENT LES NOEUDS DE GRAPHE DANS LES FENETRES
    Sinon on perd tous les avantages du système de manipulation structurelle
     

    Browsers

    Un "browser" est un type de fenêtre particulier dans Anatomist, qu'on peut ouvrir comme toutes les autres par le menu "fenêtres" ou l'icône correspondante de la fenêtre de contrôle.
    C'est une fenêtre non graphique: elle affiche les informations sous forme de texte.
    Elle a été faite spécialement pour afficher la structure des graphes et des hiérarchies de noms.
     

    Browser

    Visualisation des graphes:

    Visualisation de graphes "bruts"

    J'appelle ici "graphe brut" un graphe dont les noeuds n'ont pas de nom distinctif qui permet de les reconnaitre et de les associer à une couleur particulière.
    On visualise toujours un graphe avec l'anatomie qui lui correspond (IRM en 2D ou triangulation du cerveau en 3D). En fait il est possible de mettre un graphe seul dans une fenêtre 3D (c'est fortement déconseillé en 2D) pour observer par ex. les formes des sillons sous tous les angles, mais dans ce cas on utilise généralement 2 fenêtres, une avec l'anatomie et l'autre sans, puisque la sélection en cliquant sur l'image requiert l'anatomie.
    J'appelle "fenêtre graphique" une fenêtre de visualisation graphique: 2D (axiale, sagittale, coronale) ou 3D, par opposition aux fenêtres browser.
     
  • Charger l'anatomie (triangulation .tri ou .mesh, ou IRM .ima, .vimg ou .img)
  • Charger le graphe dans Anatomist
  • Ouvrir la ou les fenêtres graphiques (2D / 3D)
  • Mettre l'anatomie et le graphe dans les fenêtres graphiques (on ne voit que l'anatomie, le graphe est invisible)
  • Passer les fenêtres graphiques en mode "selection" (il faut le faire fenêtre par fenêtre)

    • On visualise les noeuds d'un graphe en les sélectionnant, plusieurs méthodes de sélection sont possibles:
     

    Mode "de base"

    Pour voir les éléments du graphe situés à une position donnée, cliquer sur l'anatomie à l'endroit voulu (en mode de sélection), les éléments du graphe situés à cet endroit apparaissent.
    L'élément sur lequel on clique est "sélectionné": il apparait avec une couleur différente, prédéfinie.
     

    Sélection:

    On peut sélectionner des noeuds sans désélectionner ceux qui le sont déjà en cliquant sur un noeud non sélectionné tout en maintenant la touche "Ctrl" ou "Shift" enfoncée.
    On peut déselectionner un noeud sélectionné en cliquant dessus tout en maintenant la touche "Ctrl" enfoncée.
     

    Opérations sur les noeuds sélectionnées:

    Quand un ou plusieurs noeuds sont sélectionnés, le bouton droit de la souris ouvre un menu dans lequel plusieurs opérations sont proposées:


  • View / Select objects: ouvre une fenêtre "browser" contenant les objets sélectionnées. Rarement utile, voir plus loin pour la manipulation des browsers.
  • Unselect: déselctionne tous les noeuds
  • Select all: sélectionne tous les objets présents dans la fenêtre (y compris l'anatmie!), à utiliser très rarement en principe.
  • Remove from windows of this group: retire les objets sélectionnés de toutes les fenêtres de ce groupe de fenêtres. C'est normalement de cette façon qu'on retire les noeuds qu'on ne veut plus voir pour ne pas encombrer la visualisation.
  • Remove from this window: enlève les objets seulement de la fenêtre dans laquelle cette action est demandée.
  • Object manipulations: reproduit, pour les objets sélectionnés dans les vues, le menu correspondant de la fenêtre de contrôle d'Anatomist (qui lui agit sur les objets sélectionnés dans la fenêtre de contrôle uniquement). Il permet par ex. de modifier la couleur des noeuds choisis etc.
  • Select neighbours: affiche et sélectionne les noeuds voisins dans le graphe. Très utile pour explorer une région sans "rater" un noeud.
  • Select nodes of attribute: permet d'effectuer des recherches et sélections sur un critère d'attribut de noeud (nom...)

    •  

    Mode "browser"

  • Ouvrir un browser
  • Mettre le graphe dans le browser
  • Ouvrir dans le browser le graphe, ouvrir aussi "graph nodes": la liste des noeuds apparait
  • Cliquer sur un noeud: il apparait et se sélectionne alors dans toutes les fenêtres contenant le graphe

    •  

    Visualisation de graphes de données identifiées en relation avec une hiérarchie de noms

    Ces graphes possèdent sur chacun de leurs noeuds un attribut "name" ou / et "label" qui leur donne un nom
    Les noms utilisés correspondent normalement à une nomenclature connue (activations, sillons, ...)
    La nomenclature correspondante peut être chargée dans un objet "hiérarchie" (fichiers .hie). Les objets hiérarchie ne sont pas représentable dans les fenêtres de visualisation classiques 2D et 3D, mais seulement dans un browser.
    On utilise en principe l'attribut "name" pour des noms données manuellement, et "label" pour une identifaction automatique (sillons).
     
  • Charger la hiérarchie dans Anatomist
  • Ouvrir un browser
  • Mettre la hiérarchie dans le browser
  • Ouvrir la fenêtre de paramètres des graphes (accessible depuis la petite fenêtre de contrôle AnaQt par le bouton "Graph parameters")
  • Cocher l'onglet "Use hierarchy / color bindings"
  • Si on souhaite une sélection par attribut "label" plutôt que "name", changer la sélection dans "Use attribute"
  • On peut aussi autoriser l'affichage des bulles montrant les noms des noeuds quand on pointe sur l'image en cochant l'onglet "Display ToolTips". Cela n'est valable que pour les fenêtres de visu déjà ouvertes au moment où on coche cet onglet. Pour des fenêtres ouvertes ensuite, il faut revenir aux paramètres de graphe et re-cocher cette case.


  • Dans le browser contenant la hiérarchie, ouvrir la hiérarchie de manière à voir les noms voulus
  • Cliquer sur un nom: les noeuds correspondants s'afichent dans les fenêtres et sont sélectionnés.
  • Pour voir les couleurs associées aux noms, déselectionner les noeuds (bouton droit, Unselect)

    •  

    La hiérarchie est organisée, comme son nom l'indique, de facon... hiérarchique (oui). Cela veut dire qu'on peut sélectionner tous les noeuds d'un graphe situés "en dessous" d'un nom de la hiérarchie en cliquant sur ce nom. En clair, quand on clique sur un nom de lobe, tous les sillons de ce lobe s'allument, et quand on clique sur "brain" dans une hiérarchie de sillons, tous les noeuds ayant été identifiés s'allument (mais pas ceux qui ont l'étiquette "unknown").
    Ce système facilite grandement la visualisation et la sélection par régions.

    Pour fonctionner, la sélection par hiérarchie doit remplir les conditions suivantes:

  • La hiérarchie doit correspondre au graphe: la valeur de l'attribut "graph_syntax" de la hiérarchie doit correspondre à la case "Value" affichée pour le graphe lorsqu'il est dans un browser (ex: "CorticalFoldArg" pour un graphe de sillons).
  • La correspondance entre hiérarchie et graphe doit avoir été validée dans les propriétés de graphes de la fenêtre de contrôle. Cette validation est automatique si  les graphes sont chargés après la hiérarchie, mais doit être activée manuellement si la hiérachie est chargée après le graphe..
    • Page suivante: Trucs & recettes