Guidage de la TMS
Cette page est pour l'instant dédiée au protocole de J.-L. Martinot sur l'utilisation de la TMS dans la prise en charge de la dépression. Cette page n'est pas à jour. Il s'agit donc d'une recette. Le but est de positionner la spire de la TMS de manière à viser une région d'hypométabolisme frontal mise en évidence par TEP (FDG).

Marche à suivre pour un nouveau sujet

  1. Examen IRM anatomique sur le SIGNA 1.5T: séquence inversion/récupération, coupes fines (124 coupes 256*256);
  2. Examen TEP FDG;
  3. Recalage TEP/IRM avec la plateforme MMMP: scénario FDG_2_IRMT1_BRAIN3D (ce scénario extrait le cerveau de l'IRM et de l'images TEP/FDG pour effectuer un recalage sur la surface du cerveau);
  4. Rééchantillonage de l'image FDG avec la commande VipSplineResamp de manière à la superposer à l'image anatomique (si mmmp ne s'en est pas chargé);
  5. Normalisation de l'image IRM-T1 avec SPM par rapport au template anatomique standard;
  6. Appliquer les paramètres de la normalisation à l'image FDG recalée;
  7. Comparaison de l'image FDG individuelle au pool de témoins normalisés par le passé en suivant la même procédure; Cette comparaison permet d'obtenir une image indiquant les régions hypo-métaboliques statistiquement significatives. Il faut alors sauver le résultat en utilisant le bouton write de SPM. Je propose d'appeler le resultat hypometabolism pour simplifier la suite.
  8. Obtention des maillages de la tête et du cerveau avec la moulinette AnaGetBrainAndHeadMesh
    exemple: AnaGetBrainAndHeadMesh S0XXXX_002
    Si tout se passe bien, vous recuperez:
    S0XXXX_002_brain.mesh et S0XXXX_002_head.mesh
  9. Importation de la normalisation dans le format d'Anatomist avec la moulinette AnaImportSPMsn3dFile
    Exemple: AnaImportSPMsn3dFile S05053_002
    Si tout se passe bien, vous recuperez:
    nS05053_002_TO_S05053_002 et S05053_002_TO_nS05053_002
  10. Si vous etes a l'aise avec anatomist, vous pouvez alors regarder les données sur l'anatomie individuelle pour choisir la cible et les points de repères nécessaires pour le repérage. Pour vous aider, il existe un scenario tout fait qui permet de mettre les données facilement dans de bonnes conditions de visualisation. Pour l'instant, il faut editer ce scenario à la main pour adapter les noms a ceux de votre examen. Si vous ne l'avez jamais fait, tapez la commande script-mime-ana. Ensuite, vous pourrez tester ce scenario en cliquant la: Anatomist
    . Vous pouvez egalement recuperer le fichier "/home/Panabase/tools/TMS_target_choice.ana" pour faire vos modifications. Il vous faut alors produire un fichier landmarks équivalent à:

    nasion: 108.897 21.9874 82.6053
    vertex: 109.109 135.674 -0.6
    inion: 113.088 208.027 135.356
    og: 187.451 123.467 120.88
    od: 37.3184 126.492 126
    target: 133.501 36.2227 55.7427


    Aidez vous de la fonctionnalité d'Anatomist qui permet de chercher le point le plus proche à la surface de la tête.
  11. Lorsque vous avex terminé cette opération, il reste à calculer la localisation du système de référence 10/20 avec la commande:
    AimsTMStarget-dev -i S0XXXX_002_head.mesh -l landmarks -o 10-20.
  12. La commande précédente vous spécifie la distance géodésique aux deux lignes de référence et crée le fichier 10-20.tex. Chargez le dans Anatomist et fusionnez le avec S0XXXX_002_head.mesh. Placez le résultat de la fusion dans une fenêtre 3D. En jouant avec la table de couleur vouz verrez apparaître la cible... Vous pouvez sauver les images au format jpg pour les utiliser pendant la mise en place du bonnet de bain et de la spire.