Création de ROI ponctuelles

Création d'une image 3D (S16) dont les points (valeur et coordonnées) sont indiqués par un fichier texte.

Description

Création d'une image 3D (S16) dont les points (valeur et coordonnées) sont indiqués par un fichier texte.

Format du fichier texte
Chaque ligne correspond aux informations d'un point :
valeur_voxel coordX coordY coordZ

Exemple de fichier :
10 45 56 78
45 45 78 56
30 45 85 69

Ce fichier indique qu'il y a 3 points :
point 1 : valeur 10 au point (45, 56, 78)
point 2 : valeur 45 au point (45, 78, 56)
point 3 : valeur 30 au point (45, 85, 69)

RQ : le repère dans lequel les coordonnées des points sont donnés est celui de l'image. L'image a pour origine (0, 0, 0) le voxel en haut, devant et à droite du volume. Vous devez faire une conversion de vos points si vous êtes dans un autre référentiel, par exemple celui de SPM_Talairach.

Format de l'image :
A partir des informations données (dimX ...), une image 3D (codée en S16) sera crée et initialisée avec les points du fichier 'file_of_point'.

Création d'un graphe de ROI à partir de l'image :
Il est possible de créer un graphe de ROI à partir de cette nouvelle image. Vous devez savoir que tous les voxels contenant la même valeur seront regroupés dans le même noeud.

Paramètres

file_of_point: Coordinates File ( entrée )

Fichier au format texte contenant les points de l'image à créer

image_output: Volume 3D ( sortie )

Chemin de l'image 3D à créer

dimX: Entier ( input )

Dimension en mm de l'image pour l'axe X

dimY: Entier ( input )

Dimension en mm de l'image pour l'axe Y

dimZ: Entier ( input )

Dimension en mm de l'image pour l'axe Z

sizeX: Réel ( input )

Dimension d'un voxel en X

sizeY: Réel ( input )

Dimension d'un voxel en Y

sizeZ: Réel ( input )

Dimension d'un voxel en Z

create_roigraph: Choice ( optional, input )

Création d'un graphe de ROI à partir de l'image

graph_output: Roi graph ( optional, sortie )

Chemin du graphe de ROI à créer si l'option 'create_graph' est à 'yes'

Informations techniques

Toolbox : Outils

Niveau d'utilisateur : 2

Identifiant : BuildImage

Nom de fichier : brainvisa/toolboxes/tools/processes/roi/BuildImage.py

Supported file formats :

file_of_point :

Text file

image_output :

GIS image, VIDA image, NIFTI-1 image, MINC image, TIFF image, XBM image, PBM image, PGM image, BMP image, XPM image, PPM image, gz compressed NIFTI-1 image, ECAT i image, PNG image, JPEG image, MNG image, GIF image, SPM image, ECAT v image

graph_output :

Graph and data