Statistiques morphométriques

Collecte des chiffres utilisables en morphométrie pour décrire des régions d'intérêt, sur une série de graphes

Description

Le traitement ne fait pas réellement de statistiques, il donne des descripteurs sur des régions, en fonction d'un modèle. Le traitement a été écrit au départ pour fonctionner sur des graphes de sillons et c'est toujours son usage principal, mais il est aussi possible d'obtenir des chiffres sur des gyri et des ROIs. D'autres modèles pourront être ajoutés par la suite.

Les graphes d'entrée sont générés par les outils de segmentation automatique: voir le traitement Morphologist

Les graphes des sujets doivent être au moins partiellement étiquetés de manière à pouvoir en extraire les ROIs voulues. Il est possible d'étiqueter automatiquement les graphes de sillons grâce au traitement de morphométrie / reconnaissance automatique (mais il est plus que recommandé de vérifier les identifications)

Le modèle contient la connaissance anatomique (liste des régions...) et connait les chiffres associés et la façon de les calculer ("experts" virtuels de l'anatomie concernée).

Le choix des régions est guidé par une "nomenclature" qui permet de sélectionner des région de façon hiérarchique: par ex. par lobe ou par grand sillon. Ce choix aboutit à une "sélection" de noms et s'effectue via le paramètre region du traitement. L'éditeur permet de choisir une sélection à partir du modèle et de la nomenclature choisis.

Il est possible d'obtenir des chiffres sur les sillons, et/ou sur les relations avec un sillon. Le traitement écrit un fichier par sillon et par relation (en fait un fichier par "expert" utilisé dans le modèle). Dans chaque fichier, il y a une ligne de chiffres par sujet.

Descripteurs et modèles

Chaque type de donnée (sillons, ROIs, gyri...) peut être analysé par un ou plusieurs modèles. Chaque modèle contient les méthodes de calcul des différents descripteurs morphométriques: un modèle peut donc fournir certaines mesures, et un autre modèle des mesures différentes.

Comme chaque modèle contient ses propres descripteurs et leur signification, il n'est pas possible d'en fournir une docuentation commune. Il est possible d'accéder à la documentation individuelle d'un modèle en utilisant le visualiseur (l'icône "oeil") du paramètre "modèle".

Paramètres

data_graphs: ListOf ( input )

Graphes de régions d'intétêt des différents sujets

model: Model graph ( entrée )

Graphe modèle, de lui dépend la description en différentes mesures morphométriques

nomenclature: Nomenclature ( optional, entrée )

region: LabelSelection ( input )

Sélection des noms de régions à traiter. Ce type de paramètre, "sélection" est un peu spécial: le fichier de sélection associé est optionnel (s'il n'est pas donné, la sélection ne sera pas sauvée pour un usage ultérieur). Les noms de régions sont choisis avec un éditeur qui s'ouvre quand on clique sur le bouton "..." et qui utilise le modèle et la nomenclature choisis. Si aucune sélection n'est faite (si on ne clique même pas sur "..." ), une sélection par défaut sera faite automatiquement et contiendra tous les noms valides trouvés à la fois dans le modèle et la nomenclature. C'est, la plupart du temps, ce que l'on veut.

output_directory: Répertoire ( entrée )

output_filename_prefix: String ( optional, input )

region_type: Choice ( optional, input )

Région: seulement la région sélectionnée Relations avec la région: modèles des relations liant cette région à d'autres Tous: région + relations

label_attribute: Choice ( input )

run_dataMind: Booléen ( input )

Lance l'interface du module de statistiques. Nécessite que le logiciel R soit installé. R peut être trouvé sur http://www.r-project.org/

Informations techniques

Toolbox : Morphologist

Niveau d'utilisateur : 0

Identifiant : morphometry

Nom de fichier : brainvisa/toolboxes/morphologist/processes/morphometry/morphometry.py

Supported file formats :

model :

Graph and data

nomenclature :

Hiérarchie

output_directory :

Répertoire