Seuillage

Interface de la commande AimsThreshold, permettant de réaliser un seuillage de votre image.

Description

Mode non binaire : l'image résultat conserve les niveaux de gris initiaux

Mode binaire : l'image résultat est écrite en binaire (noir et blanc)

Seuillage : action de sélection d'un ou de plusieurs niveaux de gris avec un seuil ou 2 seuils (dans le cas de between et outside)

Seuillage mode non binaire : les voxels sélectionnés sont rendus en niveaux de gris, les autres sont rendus en noir

Seuillage mode binaire : les voxels sélectionnés sont rendus en blanc, les autres sont rendus en noir

Sélection des seuils : votre image est composée de niveaux de gris, dans l'exemple suivant la valeur des niveaux de gris s'étend de 0 à 4095. Le 0 représente le noir et le 4095 représente le blanc, toutes les niveaux de gris sont donc compris entre 1 et 4094. Pour connaître l'étendue des niveaux de gris de votre image, chargez votre image dans Anatomist et mettez-la dans un browser puis consultez les attributs tex_min (noir) et tex_max (blanc). Le module ROI d'Anatomist (onglet LevelSet) vous permettra également de manipuler les niveaux de gris de votre image. Une fois votre ou vos seuils (dans le cas between et outside) sélectionnés, vous pouvez lancer le traitement.

Test image, tex_min = 0, tex_max = 4095

Mode	Description	Mode_no_binary : fasle	Mode_binary : true
less_than	select all voxels with a grey level is inferior to threshold1	Threshold1 = 350	Threshold1 = 350
less_or_equal	select all voxels with a grey level is inferior or equal to threshold1	Threshold1 = 350	Threshold1 = 350
great_than	select all voxels with a grey level is superior to threshold1	Threshold1 = 350	Threshold1 = 350
great_or_equal	select all voxels with a grey level is superior or equal to threshold1	Threshold1 = 350	Threshold1 = 350
equal	select all voxels with a grey level is equal to threshold1	Threshold1 = 350	Threshold1 = 350
different	select all voxels with a grey level is different to threshold1	Threshold1 = 1800	Threshold1 = 1800
between	select all voxels with a grey level is between threshold1 and threshold2	Threshold1 = 391 Threshold2 = 1078	Threshold1 = 391 Threshold2 = 1078
outside	select all voxels with a grey level is outside threshold1 and threshold2	Threshold1 = 391 Threshold2 = 1078	Threshold1 = 391 Threshold2 = 1078

Paramètres

image_input: Volume 4D ( entrée )

Paramètre obligatoire :
Image à seuiller

image_output: Volume 4D ( sortie )

Paramètre obligatoire :
Image seuillée

mode: Choice ( input )

Paramètre obligatoire : mode du seuillage
lt : lower than
le : lower or equal to
gt : greater than
eq : equal to
di : differ
be : between
ou : outside

threshold1: Réel ( input )

Paramètre obligatoire :
niveau de gris 1

threshold2: Réel ( optional, input )

Paramètre facultatif sauf pour les modes between et outside
niveau de gris 2

binary: Booléen ( optional, input )

Paramètre facultatif
Permet de retourner les données en 'short binary'

Informations techniques

Toolbox : Outils

Niveau d'utilisateur : 1

Identifiant : threshold

Nom de fichier : brainvisa/toolboxes/tools/processes/threshold.py

Supported file formats :

image_input :

GIS image, Z compressed GIS image, gz compressed GIS image, VIDA image, NIFTI-1 image, gz compressed ECAT i image, MINC image, gz compressed MINC image, DICOM image, TIFF image, XBM image, PBM image, PGM image, BMP image, XPM image, PPM image, gz compressed NIFTI-1 image, TIFF(.tif) image, gz compressed VIDA image, Z compressed VIDA image, Z compressed ECAT i image, gz compressed ECAT v image, ECAT i image, Z compressed ECAT v image, PNG image, JPEG image, MNG image, GIF image, Z compressed SPM image, SPM image, gz compressed SPM image, ECAT v image

image_output :

GIS image, VIDA image, NIFTI-1 image, MINC image, TIFF image, XBM image, PBM image, PGM image, BMP image, XPM image, PPM image, gz compressed NIFTI-1 image, ECAT i image, PNG image, JPEG image, MNG image, GIF image, SPM image, ECAT v image