remarks drigid3.inp remarks test case 3 for rigid body molecular dynamics rtf @TOPPAR:toph11.wat end parameter @TOPPAR:param11.wat end segment name=wat molecule number=125 name=TIP3 end end coordinates REMARKS This is a box of 125 water molecules in the experimental REMARKS geometry. The box was equilibrated previously by Monte Carlo REMARKS for the MCY potential. It is probably appropiate for starting REMARKS configurations for all 3-site water models. The box length REMARKS is 15.5516 A and the temperature and density are 300 K and REMARKS 0.0334 A**-3. REMARKS DATE: 4-FEB-84 11:09:36 created by user: BRUNGER NATOms = 375 1 TIP3 OH2 -5.76008 3.27789 -3.46973 WAT 1 0.00000 2 TIP3 H1 -5.57742 3.20183 -2.53321 WAT 1 0.00000 3 TIP3 H2 -5.78382 4.22062 -3.63382 WAT 1 0.00000 4 TIP3 OH2 5.34253 0.76916 0.26836 WAT 2 0.00000 5 TIP3 H1 5.57754 1.03356 -0.62107 WAT 2 0.00000 6 TIP3 H2 6.17167 0.50533 0.66729 WAT 2 0.00000 7 TIP3 OH2 -2.67359 0.49251 -3.75320 WAT 3 0.00000 8 TIP3 H1 -2.64318 1.40181 -3.45575 WAT 3 0.00000 9 TIP3 H2 -2.16589 0.00959 -3.10109 WAT 3 0.00000 10 TIP3 OH2 5.12970 4.65222 -1.60951 WAT 4 0.00000 11 TIP3 H1 4.85521 5.14204 -0.83430 WAT 4 0.00000 12 TIP3 H2 4.60466 3.85221 -1.58626 WAT 4 0.00000 13 TIP3 OH2 3.64665 3.09503 -4.56631 WAT 5 0.00000 14 TIP3 H1 3.80853 2.86664 -5.48166 WAT 5 0.00000 15 TIP3 H2 2.71766 3.32379 -4.53673 WAT 5 0.00000 16 TIP3 OH2 7.49376 3.62677 0.21815 WAT 6 0.00000 17 TIP3 H1 6.94211 3.71015 -0.55964 WAT 6 0.00000 18 TIP3 H2 6.88350 3.41036 0.92312 WAT 6 0.00000 19 TIP3 OH2 -5.86933 4.89129 2.66919 WAT 7 0.00000 20 TIP3 H1 -5.46349 5.09460 3.51192 WAT 7 0.00000 21 TIP3 H2 -6.44073 4.14537 2.85174 WAT 7 0.00000 22 TIP3 OH2 1.50543 6.51598 1.89499 WAT 8 0.00000 23 TIP3 H1 1.80647 5.61560 2.01712 WAT 8 0.00000 24 TIP3 H2 2.13072 6.89651 1.27821 WAT 8 0.00000 25 TIP3 OH2 4.93825 6.47272 1.77504 WAT 9 0.00000 26 TIP3 H1 4.50247 7.29615 1.55532 WAT 9 0.00000 27 TIP3 H2 5.86710 6.69855 1.82460 WAT 9 0.00000 28 TIP3 OH2 -2.61371 6.04757 0.90436 WAT 10 0.00000 29 TIP3 H1 -2.25865 6.89650 0.64080 WAT 10 0.00000 30 TIP3 H2 -3.54872 6.10718 0.70836 WAT 10 0.00000 31 TIP3 OH2 2.22730 -2.05995 -0.19400 WAT 11 0.00000 32 TIP3 H1 2.14996 -2.86974 -0.69847 WAT 11 0.00000 33 TIP3 H2 3.17028 -1.92096 -0.10632 WAT 11 0.00000 34 TIP3 OH2 -1.74949 -5.96256 2.16809 WAT 12 0.00000 35 TIP3 H1 -1.49171 -6.70017 2.72100 WAT 12 0.00000 36 TIP3 H2 -2.42617 -6.31905 1.59255 WAT 12 0.00000 37 TIP3 OH2 6.49429 -4.95786 -1.40894 WAT 13 0.00000 38 TIP3 H1 6.18645 -4.62000 -0.56793 WAT 13 0.00000 39 TIP3 H2 6.56188 -5.90357 -1.27743 WAT 13 0.00000 40 TIP3 OH2 5.09174 -3.76311 0.54500 WAT 14 0.00000 41 TIP3 H1 5.66682 -3.99079 1.27552 WAT 14 0.00000 42 TIP3 H2 4.21724 -4.01727 0.83975 WAT 14 0.00000 43 TIP3 OH2 -1.86202 -2.63825 1.91623 WAT 15 0.00000 44 TIP3 H1 -1.35848 -3.34037 2.32817 WAT 15 0.00000 45 TIP3 H2 -1.20436 -1.99602 1.64931 WAT 15 0.00000 46 TIP3 OH2 5.61484 -1.58989 -1.18631 WAT 16 0.00000 47 TIP3 H1 5.65611 -2.48967 -0.86240 WAT 16 0.00000 48 TIP3 H2 5.49686 -1.05694 -0.40001 WAT 16 0.00000 49 TIP3 OH2 4.29947 -4.94659 -3.31809 WAT 17 0.00000 50 TIP3 H1 5.12435 -4.76194 -2.86900 WAT 17 0.00000 51 TIP3 H2 4.37576 -4.49164 -4.15680 WAT 17 0.00000 52 TIP3 OH2 0.48176 1.02499 2.75334 WAT 18 0.00000 53 TIP3 H1 1.35878 1.04716 2.37051 WAT 18 0.00000 54 TIP3 H2 0.21674 1.94361 2.79945 WAT 18 0.00000 55 TIP3 OH2 -0.36748 3.57309 2.56369 WAT 19 0.00000 56 TIP3 H1 -0.39206 3.79987 1.63407 WAT 19 0.00000 57 TIP3 H2 -1.28759 3.51924 2.82199 WAT 19 0.00000 58 TIP3 OH2 -5.50444 -4.54564 -0.59840 WAT 20 0.00000 59 TIP3 H1 -5.82984 -3.66589 -0.40764 WAT 20 0.00000 60 TIP3 H2 -5.62824 -4.64792 -1.54203 WAT 20 0.00000 61 TIP3 OH2 -3.34841 -0.98820 -0.58583 WAT 21 0.00000 62 TIP3 H1 -4.03152 -1.43801 -1.08307 WAT 21 0.00000 63 TIP3 H2 -2.86319 -1.69144 -0.15429 WAT 21 0.00000 64 TIP3 OH2 2.70689 3.93645 1.81043 WAT 22 0.00000 65 TIP3 H1 2.46506 3.35028 1.09339 WAT 22 0.00000 66 TIP3 H2 3.65715 3.84729 1.88319 WAT 22 0.00000 67 TIP3 OH2 7.00495 7.57084 -1.40917 WAT 23 0.00000 68 TIP3 H1 6.99974 7.10279 -0.57423 WAT 23 0.00000 69 TIP3 H2 6.12448 7.44216 -1.76192 WAT 23 0.00000 70 TIP3 OH2 -1.12303 3.90740 -0.38677 WAT 24 0.00000 71 TIP3 H1 -1.69438 3.18795 -0.11812 WAT 24 0.00000 72 TIP3 H2 -1.58344 4.69771 -0.10452 WAT 24 0.00000 73 TIP3 OH2 1.09848 -5.64080 4.18331 WAT 25 0.00000 74 TIP3 H1 0.35582 -5.16152 4.55068 WAT 25 0.00000 75 TIP3 H2 0.71819 -6.45307 3.84891 WAT 25 0.00000 76 TIP3 OH2 -3.54932 -4.93607 -6.01523 WAT 26 0.00000 77 TIP3 H1 -3.64738 -5.59777 -5.33057 WAT 26 0.00000 78 TIP3 H2 -3.73300 -5.40432 -6.82962 WAT 26 0.00000 79 TIP3 OH2 7.34420 -4.01428 2.17460 WAT 27 0.00000 80 TIP3 H1 7.86292 -3.34565 1.72728 WAT 27 0.00000 81 TIP3 H2 7.78589 -4.13849 3.01466 WAT 27 0.00000 82 TIP3 OH2 -6.59791 -7.66139 -3.66530 WAT 28 0.00000 83 TIP3 H1 -5.87285 -7.04032 -3.59630 WAT 28 0.00000 84 TIP3 H2 -6.97028 -7.69444 -2.78413 WAT 28 0.00000 85 TIP3 OH2 -1.33212 -1.42613 6.32107 WAT 29 0.00000 86 TIP3 H1 -0.46786 -1.02737 6.21974 WAT 29 0.00000 87 TIP3 H2 -1.17997 -2.36315 6.19829 WAT 29 0.00000 88 TIP3 OH2 1.83404 3.48409 -0.93930 WAT 30 0.00000 89 TIP3 H1 1.92814 2.62130 -1.34300 WAT 30 0.00000 90 TIP3 H2 0.90107 3.68414 -1.01531 WAT 30 0.00000 91 TIP3 OH2 0.44609 1.76803 -3.40840 WAT 31 0.00000 92 TIP3 H1 -0.11837 1.15398 -2.93878 WAT 31 0.00000 93 TIP3 H2 -0.02777 2.59922 -3.38028 WAT 31 0.00000 94 TIP3 OH2 -7.01629 2.28125 3.04840 WAT 32 0.00000 95 TIP3 H1 -7.55081 1.67945 2.53038 WAT 32 0.00000 96 TIP3 H2 -7.48697 2.36741 3.87741 WAT 32 0.00000 97 TIP3 OH2 4.28011 1.30189 -2.58396 WAT 33 0.00000 98 TIP3 H1 4.22413 0.38728 -2.86066 WAT 33 0.00000 99 TIP3 H2 4.10733 1.80447 -3.38007 WAT 33 0.00000 100 TIP3 OH2 4.57707 1.81616 4.44041 WAT 34 0.00000 101 TIP3 H1 3.67461 1.89972 4.74830 WAT 34 0.00000 102 TIP3 H2 4.74561 0.87392 4.44407 WAT 34 0.00000 103 TIP3 OH2 6.94337 -0.22467 2.24587 WAT 35 0.00000 104 TIP3 H1 7.60587 -0.90526 2.12709 WAT 35 0.00000 105 TIP3 H2 6.22765 -0.66400 2.70517 WAT 35 0.00000 106 TIP3 OH2 -3.91220 -0.53732 7.39052 WAT 36 0.00000 107 TIP3 H1 -4.44108 -0.77164 6.62790 WAT 36 0.00000 108 TIP3 H2 -3.01662 -0.48970 7.05603 WAT 36 0.00000 109 TIP3 OH2 -3.00154 2.66831 2.95178 WAT 37 0.00000 110 TIP3 H1 -3.04636 2.11346 3.73048 WAT 37 0.00000 111 TIP3 H2 -3.63465 3.36671 3.11799 WAT 37 0.00000 112 TIP3 OH2 5.66978 3.79861 2.70153 WAT 38 0.00000 113 TIP3 H1 6.09330 4.56631 3.08559 WAT 38 0.00000 114 TIP3 H2 5.36615 3.29055 3.45380 WAT 38 0.00000 115 TIP3 OH2 3.75749 5.77396 4.52662 WAT 39 0.00000 116 TIP3 H1 3.05030 5.14490 4.38383 WAT 39 0.00000 117 TIP3 H2 4.08647 5.96848 3.64903 WAT 39 0.00000 118 TIP3 OH2 4.00866 4.31006 6.92279 WAT 40 0.00000 119 TIP3 H1 3.37517 3.70366 6.53912 WAT 40 0.00000 120 TIP3 H2 4.12196 4.99042 6.25910 WAT 40 0.00000 121 TIP3 OH2 7.61876 6.21847 0.98942 WAT 41 0.00000 122 TIP3 H1 8.29670 6.05970 1.64624 WAT 41 0.00000 123 TIP3 H2 7.38470 5.34682 0.67056 WAT 41 0.00000 124 TIP3 OH2 -1.82472 -7.31054 -0.61776 WAT 42 0.00000 125 TIP3 H1 -2.11632 -6.40089 -0.67874 WAT 42 0.00000 126 TIP3 H2 -0.99276 -7.32808 -1.09079 WAT 42 0.00000 127 TIP3 OH2 0.29925 2.63602 -6.96362 WAT 43 0.00000 128 TIP3 H1 -0.39586 2.01400 -6.74883 WAT 43 0.00000 129 TIP3 H2 0.28145 3.27213 -6.24859 WAT 43 0.00000 130 TIP3 OH2 7.67950 1.39958 -7.52703 WAT 44 0.00000 131 TIP3 H1 7.41664 0.64971 -8.06071 WAT 44 0.00000 132 TIP3 H2 7.42493 2.16350 -8.04456 WAT 44 0.00000 133 TIP3 OH2 -6.37243 5.09587 -7.81024 WAT 45 0.00000 134 TIP3 H1 -5.92706 4.54719 -7.16463 WAT 45 0.00000 135 TIP3 H2 -7.26921 4.76186 -7.83129 WAT 45 0.00000 136 TIP3 OH2 5.72080 7.22513 -6.55143 WAT 46 0.00000 137 TIP3 H1 6.60597 6.89711 -6.70991 WAT 46 0.00000 138 TIP3 H2 5.49094 7.69302 -7.35421 WAT 46 0.00000 139 TIP3 OH2 7.11329 2.88679 5.52612 WAT 47 0.00000 140 TIP3 H1 7.00330 3.83584 5.58475 WAT 47 0.00000 141 TIP3 H2 6.22045 2.54191 5.51575 WAT 47 0.00000 142 TIP3 OH2 -6.20056 5.71276 -4.85528 WAT 48 0.00000 143 TIP3 H1 -6.26857 6.54919 -4.39488 WAT 48 0.00000 144 TIP3 H2 -7.09583 5.37445 -4.87185 WAT 48 0.00000 145 TIP3 OH2 6.37945 4.20597 -7.21088 WAT 49 0.00000 146 TIP3 H1 6.41081 4.12594 -6.25755 WAT 49 0.00000 147 TIP3 H2 5.54653 4.64321 -7.38773 WAT 49 0.00000 148 TIP3 OH2 2.74994 -7.49944 5.67277 WAT 50 0.00000 149 TIP3 H1 2.44343 -6.75118 5.16054 WAT 50 0.00000 150 TIP3 H2 2.80385 -8.21669 5.04120 WAT 50 0.00000 151 TIP3 OH2 -3.03613 6.41693 3.70182 WAT 51 0.00000 152 TIP3 H1 -2.18782 6.65522 4.07574 WAT 51 0.00000 153 TIP3 H2 -2.82436 6.03702 2.84915 WAT 51 0.00000 154 TIP3 OH2 -4.57023 -5.56432 7.05236 WAT 52 0.00000 155 TIP3 H1 -5.44675 -5.47517 7.42650 WAT 52 0.00000 156 TIP3 H2 -4.50725 -4.85190 6.41619 WAT 52 0.00000 157 TIP3 OH2 1.62757 -3.61733 -7.21717 WAT 53 0.00000 158 TIP3 H1 1.46151 -3.32067 -8.11196 WAT 53 0.00000 159 TIP3 H2 0.75663 -3.74097 -6.83980 WAT 53 0.00000 160 TIP3 OH2 7.02511 4.14295 -4.16897 WAT 54 0.00000 161 TIP3 H1 7.59794 3.40622 -3.95608 WAT 54 0.00000 162 TIP3 H2 6.69396 4.44198 -3.32213 WAT 54 0.00000 163 TIP3 OH2 2.28590 -6.82113 -7.24001 WAT 55 0.00000 164 TIP3 H1 3.01805 -6.20503 -7.21540 WAT 55 0.00000 165 TIP3 H2 2.52720 -7.45369 -7.91667 WAT 55 0.00000 166 TIP3 OH2 6.81822 -6.72754 3.02483 WAT 56 0.00000 167 TIP3 H1 7.30988 -7.35677 3.55263 WAT 56 0.00000 168 TIP3 H2 7.41841 -6.48494 2.31975 WAT 56 0.00000 169 TIP3 OH2 -5.67510 2.49310 -0.89723 WAT 57 0.00000 170 TIP3 H1 -6.34288 2.81645 -0.29247 WAT 57 0.00000 171 TIP3 H2 -4.88262 2.42368 -0.36491 WAT 57 0.00000 172 TIP3 OH2 -0.67798 3.91207 6.21329 WAT 58 0.00000 173 TIP3 H1 -0.45426 3.53409 7.06376 WAT 58 0.00000 174 TIP3 H2 -1.28470 3.28286 5.82314 WAT 58 0.00000 175 TIP3 OH2 2.80133 -4.78328 1.62614 WAT 59 0.00000 176 TIP3 H1 2.86055 -4.96506 2.56405 WAT 59 0.00000 177 TIP3 H2 1.86317 -4.69624 1.45733 WAT 59 0.00000 178 TIP3 OH2 -1.00696 -4.12648 5.80511 WAT 60 0.00000 179 TIP3 H1 -1.87381 -4.19639 5.40523 WAT 60 0.00000 180 TIP3 H2 -1.06184 -4.66714 6.59308 WAT 60 0.00000 181 TIP3 OH2 6.47901 -1.40584 7.55795 WAT 61 0.00000 182 TIP3 H1 7.27355 -1.93937 7.54138 WAT 61 0.00000 183 TIP3 H2 6.18519 -1.44113 8.46825 WAT 61 0.00000 184 TIP3 OH2 -5.33624 -7.53930 3.47641 WAT 62 0.00000 185 TIP3 H1 -5.56168 -7.08607 2.66401 WAT 62 0.00000 186 TIP3 H2 -4.50623 -7.97603 3.28520 WAT 62 0.00000 187 TIP3 OH2 0.75899 -7.08139 -1.44177 WAT 63 0.00000 188 TIP3 H1 1.24111 -6.56735 -2.08950 WAT 63 0.00000 189 TIP3 H2 1.10309 -6.78795 -0.59813 WAT 63 0.00000 190 TIP3 OH2 -4.77086 -2.49014 -6.28883 WAT 64 0.00000 191 TIP3 H1 -4.34867 -1.84416 -6.85512 WAT 64 0.00000 192 TIP3 H2 -4.05886 -3.06500 -6.00810 WAT 64 0.00000 193 TIP3 OH2 -4.24664 -1.83355 3.02213 WAT 65 0.00000 194 TIP3 H1 -4.33111 -1.04225 3.55404 WAT 65 0.00000 195 TIP3 H2 -3.33152 -1.83750 2.74147 WAT 65 0.00000 196 TIP3 OH2 -5.06413 -1.11482 -3.79261 WAT 66 0.00000 197 TIP3 H1 -5.00124 -1.40398 -4.70292 WAT 66 0.00000 198 TIP3 H2 -4.28837 -0.57006 -3.65970 WAT 66 0.00000 199 TIP3 OH2 3.95669 -4.54552 -6.03240 WAT 67 0.00000 200 TIP3 H1 3.24877 -4.05711 -6.45256 WAT 67 0.00000 201 TIP3 H2 4.68163 -4.50145 -6.65589 WAT 67 0.00000 202 TIP3 OH2 -7.49322 -3.65910 5.05560 WAT 68 0.00000 203 TIP3 H1 -8.39742 -3.36519 5.16632 WAT 68 0.00000 204 TIP3 H2 -7.35264 -4.27809 5.77206 WAT 68 0.00000 205 TIP3 OH2 -6.34946 -6.82156 1.03797 WAT 69 0.00000 206 TIP3 H1 -6.24244 -7.52285 0.39536 WAT 69 0.00000 207 TIP3 H2 -6.21427 -6.01604 0.53888 WAT 69 0.00000 208 TIP3 OH2 5.17218 -3.19355 5.92558 WAT 70 0.00000 209 TIP3 H1 5.48334 -2.61487 6.62167 WAT 70 0.00000 210 TIP3 H2 4.22822 -3.25752 6.07072 WAT 70 0.00000 211 TIP3 OH2 2.21491 -3.18770 5.87252 WAT 71 0.00000 212 TIP3 H1 1.85540 -2.61935 5.19137 WAT 71 0.00000 213 TIP3 H2 1.87741 -4.05822 5.66154 WAT 71 0.00000 214 TIP3 OH2 0.41779 -2.71852 -4.26200 WAT 72 0.00000 215 TIP3 H1 0.50689 -2.13889 -5.01850 WAT 72 0.00000 216 TIP3 H2 -0.35145 -3.25317 -4.45859 WAT 72 0.00000 217 TIP3 OH2 -1.27918 -3.38676 -6.57457 WAT 73 0.00000 218 TIP3 H1 -1.71666 -3.19462 -7.40398 WAT 73 0.00000 219 TIP3 H2 -1.68610 -4.19822 -6.27097 WAT 73 0.00000 220 TIP3 OH2 -0.56854 -6.32499 7.21452 WAT 74 0.00000 221 TIP3 H1 -1.03513 -6.71229 7.95514 WAT 74 0.00000 222 TIP3 H2 0.34539 -6.29237 7.49719 WAT 74 0.00000 223 TIP3 OH2 4.99455 -0.98067 3.89590 WAT 75 0.00000 224 TIP3 H1 5.01385 -1.63010 4.59882 WAT 75 0.00000 225 TIP3 H2 4.16001 -1.13200 3.45221 WAT 75 0.00000 226 TIP3 OH2 -6.93068 -3.87988 -7.63439 WAT 76 0.00000 227 TIP3 H1 -7.68710 -4.07256 -7.08038 WAT 76 0.00000 228 TIP3 H2 -6.39664 -3.28161 -7.11181 WAT 76 0.00000 229 TIP3 OH2 -7.01194 7.61350 -7.14770 WAT 77 0.00000 230 TIP3 H1 -6.59574 6.86611 -6.71827 WAT 77 0.00000 231 TIP3 H2 -6.99911 8.30700 -6.48806 WAT 77 0.00000 232 TIP3 OH2 1.73602 -4.22642 -2.15453 WAT 78 0.00000 233 TIP3 H1 1.39910 -3.87615 -2.97916 WAT 78 0.00000 234 TIP3 H2 2.63273 -4.49392 -2.35597 WAT 78 0.00000 235 TIP3 OH2 -2.80830 -4.91614 -0.41065 WAT 79 0.00000 236 TIP3 H1 -3.75108 -4.96329 -0.56926 WAT 79 0.00000 237 TIP3 H2 -2.66959 -4.04172 -0.04681 WAT 79 0.00000 238 TIP3 OH2 -7.44662 -3.79016 -3.61712 WAT 80 0.00000 239 TIP3 H1 -7.72066 -3.91454 -2.70846 WAT 80 0.00000 240 TIP3 H2 -7.64094 -2.87146 -3.80278 WAT 80 0.00000 241 TIP3 OH2 -3.44607 -4.46316 4.44327 WAT 81 0.00000 242 TIP3 H1 -3.42414 -5.26919 3.92746 WAT 81 0.00000 243 TIP3 H2 -3.83996 -3.81512 3.85921 WAT 81 0.00000 244 TIP3 OH2 -2.86300 2.07265 0.24820 WAT 82 0.00000 245 TIP3 H1 -2.93468 1.13679 0.06043 WAT 82 0.00000 246 TIP3 H2 -2.85858 2.12601 1.20390 WAT 82 0.00000 247 TIP3 OH2 1.32614 -0.90839 4.81069 WAT 83 0.00000 248 TIP3 H1 1.73792 -0.07727 5.04710 WAT 83 0.00000 249 TIP3 H2 0.77663 -0.69779 4.05576 WAT 83 0.00000 250 TIP3 OH2 7.12154 -5.54185 -5.86501 WAT 84 0.00000 251 TIP3 H1 7.55605 -5.31485 -5.04288 WAT 84 0.00000 252 TIP3 H2 6.60142 -6.31757 -5.65534 WAT 84 0.00000 253 TIP3 OH2 -1.72380 0.41790 -6.68678 WAT 85 0.00000 254 TIP3 H1 -2.01319 0.29619 -5.78254 WAT 85 0.00000 255 TIP3 H2 -1.03492 -0.23548 -6.80829 WAT 85 0.00000 256 TIP3 OH2 4.97944 -1.06613 -5.61908 WAT 86 0.00000 257 TIP3 H1 4.11464 -1.26476 -5.26006 WAT 86 0.00000 258 TIP3 H2 5.53644 -0.94489 -4.85013 WAT 86 0.00000 259 TIP3 OH2 -0.18740 -0.81181 0.85145 WAT 87 0.00000 260 TIP3 H1 -0.09031 -0.01515 1.37311 WAT 87 0.00000 261 TIP3 H2 0.68691 -1.20134 0.84325 WAT 87 0.00000 262 TIP3 OH2 -0.44228 -0.43026 -2.23267 WAT 88 0.00000 263 TIP3 H1 0.17920 -1.02655 -2.65033 WAT 88 0.00000 264 TIP3 H2 -0.41676 -0.66767 -1.30574 WAT 88 0.00000 265 TIP3 OH2 2.45240 1.18569 6.70326 WAT 89 0.00000 266 TIP3 H1 1.77442 1.46932 7.31654 WAT 89 0.00000 267 TIP3 H2 3.25057 1.14472 7.23002 WAT 89 0.00000 268 TIP3 OH2 -5.03789 0.60074 4.39956 WAT 90 0.00000 269 TIP3 H1 -4.52110 1.00640 5.09569 WAT 90 0.00000 270 TIP3 H2 -5.42033 1.33805 3.92382 WAT 90 0.00000 271 TIP3 OH2 -6.13139 -1.43705 6.02095 WAT 91 0.00000 272 TIP3 H1 -6.33543 -2.27630 5.60835 WAT 91 0.00000 273 TIP3 H2 -6.25503 -0.79128 5.32531 WAT 91 0.00000 274 TIP3 OH2 -6.23902 -0.56371 -1.15564 WAT 92 0.00000 275 TIP3 H1 -5.88266 0.30831 -1.32541 WAT 92 0.00000 276 TIP3 H2 -6.34079 -0.95450 -2.02349 WAT 92 0.00000 277 TIP3 OH2 4.52007 1.70079 -6.96892 WAT 93 0.00000 278 TIP3 H1 5.22559 2.19959 -7.38083 WAT 93 0.00000 279 TIP3 H2 4.96901 1.07052 -6.40551 WAT 93 0.00000 280 TIP3 OH2 7.11650 -0.95184 -3.60651 WAT 94 0.00000 281 TIP3 H1 6.82889 -0.77885 -2.71008 WAT 94 0.00000 282 TIP3 H2 7.62930 -0.18025 -3.84714 WAT 94 0.00000 283 TIP3 OH2 -6.38619 -1.83523 1.11558 WAT 95 0.00000 284 TIP3 H1 -6.29147 -1.15692 0.44690 WAT 95 0.00000 285 TIP3 H2 -5.72758 -1.61609 1.77470 WAT 95 0.00000 286 TIP3 OH2 -3.59879 6.67191 -5.62075 WAT 96 0.00000 287 TIP3 H1 -3.82816 7.03198 -6.47747 WAT 96 0.00000 288 TIP3 H2 -4.01212 5.80871 -5.60475 WAT 96 0.00000 289 TIP3 OH2 -4.82398 1.90491 -7.12256 WAT 97 0.00000 290 TIP3 H1 -5.63974 1.61550 -7.53123 WAT 97 0.00000 291 TIP3 H2 -4.29190 1.11163 -7.06079 WAT 97 0.00000 292 TIP3 OH2 -3.40579 2.74450 5.95227 WAT 98 0.00000 293 TIP3 H1 -3.97900 3.34658 5.47776 WAT 98 0.00000 294 TIP3 H2 -3.87996 2.54837 6.76030 WAT 98 0.00000 295 TIP3 OH2 -0.33024 7.48732 3.64283 WAT 99 0.00000 296 TIP3 H1 -0.01252 7.19342 4.49658 WAT 99 0.00000 297 TIP3 H2 0.10283 6.91015 3.01390 WAT 99 0.00000 298 TIP3 OH2 4.37583 7.72908 -2.22352 WAT 100 0.00000 299 TIP3 H1 3.96339 7.03813 -2.74187 WAT 100 0.00000 300 TIP3 H2 4.18029 8.53581 -2.70013 WAT 100 0.00000 301 TIP3 OH2 0.95401 4.41141 -4.97144 WAT 101 0.00000 302 TIP3 H1 1.21281 5.19686 -5.45343 WAT 101 0.00000 303 TIP3 H2 0.38437 4.73491 -4.27353 WAT 101 0.00000 304 TIP3 OH2 0.97091 -0.43406 -5.90030 WAT 102 0.00000 305 TIP3 H1 1.79428 -0.36083 -6.38291 WAT 102 0.00000 306 TIP3 H2 0.97845 0.31026 -5.29850 WAT 102 0.00000 307 TIP3 OH2 4.37245 -5.71032 3.89080 WAT 103 0.00000 308 TIP3 H1 5.17753 -5.94099 3.42727 WAT 103 0.00000 309 TIP3 H2 4.66311 -5.15738 4.61605 WAT 103 0.00000 310 TIP3 OH2 -7.66233 1.39103 -4.70280 WAT 104 0.00000 311 TIP3 H1 -7.81597 1.48325 -5.64308 WAT 104 0.00000 312 TIP3 H2 -6.70924 1.39108 -4.61423 WAT 104 0.00000 313 TIP3 OH2 3.09963 0.97912 1.89315 WAT 105 0.00000 314 TIP3 H1 3.64517 1.64053 2.31875 WAT 105 0.00000 315 TIP3 H2 3.55838 0.77834 1.07739 WAT 105 0.00000 316 TIP3 OH2 1.92175 5.95237 -7.02952 WAT 106 0.00000 317 TIP3 H1 2.74641 5.98771 -6.54484 WAT 106 0.00000 318 TIP3 H2 2.12513 5.44016 -7.81215 WAT 106 0.00000 319 TIP3 OH2 1.91393 3.74005 4.62132 WAT 107 0.00000 320 TIP3 H1 1.09326 3.98681 5.04775 WAT 107 0.00000 321 TIP3 H2 1.68473 3.64435 3.69691 WAT 107 0.00000 322 TIP3 OH2 -1.46075 3.96490 -3.49205 WAT 108 0.00000 323 TIP3 H1 -2.16816 4.11223 -4.11981 WAT 108 0.00000 324 TIP3 H2 -1.79800 4.30956 -2.66519 WAT 108 0.00000 325 TIP3 OH2 -4.89598 4.87687 5.21927 WAT 109 0.00000 326 TIP3 H1 -4.16212 5.48802 5.15474 WAT 109 0.00000 327 TIP3 H2 -5.20822 4.97095 6.11920 WAT 109 0.00000 328 TIP3 OH2 -5.30595 6.58150 -0.67917 WAT 110 0.00000 329 TIP3 H1 -5.89215 5.84054 -0.83274 WAT 110 0.00000 330 TIP3 H2 -4.86324 6.71498 -1.51727 WAT 110 0.00000 331 TIP3 OH2 3.04763 -7.40515 0.40152 WAT 111 0.00000 332 TIP3 H1 3.37972 -7.48028 -0.49307 WAT 111 0.00000 333 TIP3 H2 3.00270 -6.46265 0.56247 WAT 111 0.00000 334 TIP3 OH2 0.28560 -5.27626 0.63576 WAT 112 0.00000 335 TIP3 H1 -0.07645 -4.78728 -0.10319 WAT 112 0.00000 336 TIP3 H2 -0.44627 -5.36540 1.24621 WAT 112 0.00000 337 TIP3 OH2 -0.99562 -7.29145 -5.43577 WAT 113 0.00000 338 TIP3 H1 -0.14007 -7.54683 -5.09074 WAT 113 0.00000 339 TIP3 H2 -1.51419 -8.09562 -5.41089 WAT 113 0.00000 340 TIP3 OH2 1.75590 -7.44806 -4.39261 WAT 114 0.00000 341 TIP3 H1 2.21172 -8.18398 -3.98413 WAT 114 0.00000 342 TIP3 H2 2.16366 -7.36163 -5.25428 WAT 114 0.00000 343 TIP3 OH2 -3.60457 7.13059 7.06204 WAT 115 0.00000 344 TIP3 H1 -3.85509 7.88762 6.53254 WAT 115 0.00000 345 TIP3 H2 -2.69334 6.96135 6.82280 WAT 115 0.00000 346 TIP3 OH2 1.40181 5.82476 -2.63736 WAT 116 0.00000 347 TIP3 H1 2.06292 5.18312 -2.37765 WAT 116 0.00000 348 TIP3 H2 1.38888 6.45942 -1.92094 WAT 116 0.00000 349 TIP3 OH2 -0.85864 6.72733 6.27189 WAT 117 0.00000 350 TIP3 H1 -0.64108 5.83528 6.54233 WAT 117 0.00000 351 TIP3 H2 -0.25075 7.28150 6.76137 WAT 117 0.00000 352 TIP3 OH2 -1.91222 -5.15433 -3.68334 WAT 118 0.00000 353 TIP3 H1 -1.25486 -5.81350 -3.90604 WAT 118 0.00000 354 TIP3 H2 -1.86946 -5.08542 -2.72959 WAT 118 0.00000 355 TIP3 OH2 -7.19907 -6.81613 5.77234 WAT 119 0.00000 356 TIP3 H1 -6.45069 -7.01170 5.20851 WAT 119 0.00000 357 TIP3 H2 -6.99053 -7.24146 6.60409 WAT 119 0.00000 358 TIP3 OH2 3.92071 5.91127 -4.62579 WAT 120 0.00000 359 TIP3 H1 4.06568 4.97071 -4.52305 WAT 120 0.00000 360 TIP3 H2 4.74420 6.24337 -4.98327 WAT 120 0.00000 361 TIP3 OH2 5.58854 -7.32254 6.60108 WAT 121 0.00000 362 TIP3 H1 4.97474 -7.24835 5.87035 WAT 121 0.00000 363 TIP3 H2 6.35787 -6.82751 6.31946 WAT 121 0.00000 364 TIP3 OH2 -3.61797 6.89068 -2.91233 WAT 122 0.00000 365 TIP3 H1 -3.62440 6.93542 -3.86846 WAT 122 0.00000 366 TIP3 H2 -2.81039 7.33640 -2.65666 WAT 122 0.00000 367 TIP3 OH2 7.29077 5.82881 5.03700 WAT 123 0.00000 368 TIP3 H1 6.56834 6.37987 5.33807 WAT 123 0.00000 369 TIP3 H2 8.07883 6.32826 5.25085 WAT 123 0.00000 370 TIP3 OH2 -5.08326 -4.84880 -3.28279 WAT 124 0.00000 371 TIP3 H1 -5.72656 -4.46030 -3.87562 WAT 124 0.00000 372 TIP3 H2 -4.28045 -4.35211 -3.44095 WAT 124 0.00000 373 TIP3 OH2 -3.65443 3.74981 -5.55142 WAT 125 0.00000 374 TIP3 H1 -3.69347 3.12195 -6.27287 WAT 125 0.00000 375 TIP3 H2 -4.37423 3.49643 -4.97356 WAT 125 0.00000 END {COORDINATES} ! ! nonbonded options ! parameter nbonds eps=1.0 cutnb=7.5 cdie truncation group end end ! ! Now turn on minimum image convention ! xrefin a=15.5516 b=15.5516 c=15.5516 alpha=90. beta=90. gamma=90. end flags include pvdw pele end ! set seed=123. end vector do (vx=maxwell(300.)) ( all ) vector do (vy=maxwell(300.)) ( all ) vector do (vz=maxwell(300.)) ( all ) vector do (fbeta=100.) ( all ) remark DYNANLTES remark Dynamics run for 125 TIP3P water molecules remark using periodic boundaries with the minimum remark image convention set seed=314159. end dynamics rigid for $1 in id (NAME OH2) LOOP MAIN GROUP=(BYRESIDUE ID $1) END LOOP MAIN nstep=50 dt=0.00025 dynmode=tcou tbath=300. vformat='F10.5' trajectory=dyncrd200025.dat nsavc=5 velocities=dynvel200025.dat nsavv=5 nprint=10 iprfrq=10000 ntrfrq=1 end {* ============================================ *} {* test for (velocity) autocorrelation function *} {* ============================================ *} dynamics analysis correlation function=AC input=dynvel200025.dat begin=5 skip=5 stop=50 species=( name O* ) norm=true length=0.015 {* ps *} shell mode=simultaneously input=dyncrd200025.dat begin=5 skip=5 stop=50 origin=( 0.0 0.0 0.0 ) cutlow=0.0 cuthigh=7.4 end end close dyncrd200025.dat end close dynvel200025.dat end {* ======================================= *} {* test for (MSD) autocorrelation function *} {* ======================================= *} dynamics analysis correlation function=MSD input=dyncrd200025.dat begin=5 skip=5 stop=50 species=( name O* ) norm=false length=0.015 {* ps *} shell mode=self origin=( 0.0 0.0 0.0 ) cutlow=0.0 cuthigh=20.4 end end close dyncrd200025.dat end {* =========================================== *} {* test for G[OH] radial distribution function *} {* =========================================== *} dynamics analysis RDF input=dyncrd200025.dat begin=5 skip=5 stop=50 Aspecies=( name O* ) Bspecies=( name H* ) minimum-image boxx=15.5516 boxy=15.5516 boxz=15.5516 end mode=average origin=( 0.0 0.0 0.0 ) radius=7.4 rgrid=0.05 rmax=10.0 density=0.06532 end close dyncrd200025.dat end {* =========================================== *} {* test for G[OO] radial distribution function *} {* =========================================== *} dynamics analysis RDF input=dyncrd200025.dat begin=5 skip=5 stop=50 Aspecies=( name O* ) Bspecies=( name O* ) minimum-image boxx=15.5516 boxy=15.5516 boxz=15.5516 end mode=average origin=( 0.0 0.0 0.0 ) radius=7.4 rgrid=0.05 rmax=10.0 density=0.0326617 end close dyncrd200025.dat end {* =========================================== *} {* test for G[HH] radial distribution function *} {* =========================================== *} dynamics analysis RDF input=dyncrd200025.dat begin=5 skip=5 stop=50 Aspecies=( name H* ) Bspecies=( name H* ) minimum-image boxx=15.5516 boxy=15.5516 boxz=15.5516 end mode=average origin=( 0.0 0.0 0.0 ) radius=7.4 rgrid=0.05 rmax=10.0 density=0.0326617 end close dyncrd200025.dat end stop