Séparation du masque du cerveau

Sépare le masque du cerveau en trois parties : les hémisphères cérébraux et le reste (cervelet/tronc)

Description

Cette procédure vise à séparer les hémisphères et à éliminer le cervelet et une partie du tronc cérébral de manière à accéder aux faces internes et basses du cortex.
Une érosion est appliquée à un masque de la matière blanche afin de la casser au niveau du corps calleux et du tronc cérébral. On récupère alors 3 graines correspondant aux hémisphères et au cervelet. Ces graines sont alors amenées à croître, dans un premier temps au sein de la matière blanche, puis au sein de la matière grise, de manière à retrouver les formes des hémisphères.

Paramètres

brain_mask: T1 Brain Mask ( entrée )

t1mri_nobias: IRM T1 Biais Corrigé ( entrée )

histo_analysis: Analyse d'histogramme ( entrée )

commissure_coordinates: Commissure coordinates ( entrée )

use_ridges: Booléen ( input )

white_ridges: T1 MRI White Matter Ridges ( entrée )

use_template: Booléen ( input )

split_template: Hemispheres Template ( entrée )

mode: Choice ( input )

variant: Choice ( input )

bary_factor: Choice ( input )

entre 0 et 1.

initial_erosion: Réel ( input )

cc_min_size: Entier ( input )

split_brain: Séparation du masque du cerveau ( sortie )

fix_random_seed: Booléen ( input )

Informations techniques

Toolbox : Morphologist

Niveau d'utilisateur : 0

Identifiant : SplitBrain

Nom de fichier : brainvisa/toolboxes/morphologist/processes/segmentationpipeline/components/SplitBrain.py

Supported file formats :

brain_mask :

GIS image, VIDA image, NIFTI-1 image, MINC image, gz compressed MINC image, DICOM image, TIFF image, XBM image, PBM image, PGM image, BMP image, XPM image, PPM image, gz compressed NIFTI-1 image, TIFF(.tif) image, ECAT i image, PNG image, JPEG image, MNG image, GIF image, SPM image, ECAT v image

t1mri_nobias :

GIS image, VIDA image, NIFTI-1 image, MINC image, gz compressed MINC image, DICOM image, TIFF image, XBM image, PBM image, PGM image, BMP image, XPM image, PPM image, gz compressed NIFTI-1 image, TIFF(.tif) image, ECAT i image, PNG image, JPEG image, MNG image, GIF image, SPM image, ECAT v image

histo_analysis :

Analyse d'histogramme

commissure_coordinates :

Commissure coordinates

white_ridges :

GIS image, VIDA image, NIFTI-1 image, MINC image, gz compressed MINC image, DICOM image, TIFF image, XBM image, PBM image, PGM image, BMP image, XPM image, PPM image, gz compressed NIFTI-1 image, TIFF(.tif) image, ECAT i image, PNG image, JPEG image, MNG image, GIF image, SPM image, ECAT v image

split_template :

GIS image, VIDA image, NIFTI-1 image, MINC image, gz compressed MINC image, DICOM image, TIFF image, XBM image, PBM image, PGM image, BMP image, XPM image, PPM image, gz compressed NIFTI-1 image, TIFF(.tif) image, ECAT i image, PNG image, JPEG image, MNG image, GIF image, SPM image, ECAT v image

split_brain :

GIS image, VIDA image, NIFTI-1 image, MINC image, TIFF image, XBM image, PBM image, PGM image, BMP image, XPM image, PPM image, gz compressed NIFTI-1 image, ECAT i image, PNG image, JPEG image, MNG image, GIF image, SPM image, ECAT v image