Vip Séparation des hémisphères

Segmente le masque du cerveau en trois parties : les hémisphères cérébraux et le reste (cervelet/tronc)

Description

Le principe de base de cette routine est décrit dans Ana Split Brain From Brain Mask. En outre elle est très bavarde pendant son exécution...

Pour plus d'information et une alternative à la procédure de morphologie mathématique:
Shape bottlenecks and Conservative Flow systems, J.- F. Mangin, J. Regis and V. Frouin IEEE/SIAM MMBIA Workshop (Math. Methods in Biomed. Image Analysis), San Francisco, IEEE Press 319-328, 1996

Vous pouvez également essayer:
VipSplitBrain -help

Paramètres

mri_corrected: IRM T1 Biais Corrigé ( entrée )

MRI corrigée du biais

Use_template: Booléen ( input )

split_template: Hemispheres Template ( optional, entrée )

brain_mask: T1 Brain Mask ( entrée )

un masque binaire

histo_analysis: Analyse d'histogramme ( entrée )

statistiques sur les niveaux de gris

split_mask: Séparation du masque du cerveau ( sortie )

Commissure_coordinates: Commissure coordinates ( optional, entrée )

white_algo: Choice ( optional, input )

mult_factor: Réel ( optional, input )

seuil définissant la matière blanche: moyenne - mult_factor*sigma

bary_factor: Réel ( input )

seuil définissant la matière blanche comme un barycentre des moyennes gris/blanc

white_threshold: Entier ( optional, input )

seuil définissant la matière blanche

initial_erosion: Réel ( input )

première érosion puis incrément de 0.5mm

cc_min_size: Entier ( input )

taille minimale d'une cc pour la sélection des graines

Informations techniques

Toolbox : Morphologist

Niveau d'utilisateur : 2

Identifiant : VipSplitBrain

Nom de fichier : brainvisa/toolboxes/morphologist/processes/segmentationpipeline/components_obsolete/segmentation/VipSplitBrain.py

Supported file formats :

mri_corrected :

GIS image, VIDA image, NIFTI-1 image, MINC image, gz compressed MINC image, DICOM image, TIFF image, XBM image, PBM image, PGM image, BMP image, XPM image, PPM image, gz compressed NIFTI-1 image, TIFF(.tif) image, ECAT i image, PNG image, JPEG image, MNG image, GIF image, SPM image, ECAT v image

split_template :

GIS image, VIDA image, NIFTI-1 image, MINC image, gz compressed MINC image, DICOM image, TIFF image, XBM image, PBM image, PGM image, BMP image, XPM image, PPM image, gz compressed NIFTI-1 image, TIFF(.tif) image, ECAT i image, PNG image, JPEG image, MNG image, GIF image, SPM image, ECAT v image

brain_mask :

GIS image, VIDA image, NIFTI-1 image, MINC image, gz compressed MINC image, DICOM image, TIFF image, XBM image, PBM image, PGM image, BMP image, XPM image, PPM image, gz compressed NIFTI-1 image, TIFF(.tif) image, ECAT i image, PNG image, JPEG image, MNG image, GIF image, SPM image, ECAT v image

histo_analysis :

Analyse d'histogramme

split_mask :

GIS image, VIDA image, NIFTI-1 image, MINC image, TIFF image, XBM image, PBM image, PGM image, BMP image, XPM image, PPM image, gz compressed NIFTI-1 image, ECAT i image, PNG image, JPEG image, MNG image, GIF image, SPM image, ECAT v image

Commissure_coordinates :

Commissure coordinates